Один из первых указов нового президента обычно бывает посвящен утверждению структуры федеральных органов исполнительной власти. Именно таким указом в мае 2000 г. был ликвидирован Государственный комитет по охране окружающей среды, а с ним и Федеральная служба лесного хозяйства. Прошло 12 лет, полный цикл по китайскому календарю, самое время подвести итоги и сформулировать предложения. Тем более что следующий цикл теперь как раз совпадает с двумя президентскими сроками.

Самые тяжелые последствия решений 2000 г. наблюдались в 2001-2004 гг. Последовательно ослаблялось природоохранное законодательство, уничтожались стимулы для инвестиций в экологические программы, прекратилось создание заповедников и национальных парков.

Основной задачей административной реформы 2004 г. было исключение избыточных функций государства и устранение дублирования полномочий. В области природных ресурсов и охраны окружающей среды еще несколько лет сохранялось дублирование. Правоустанавливающими функциями были наделены Министерство природных ресурсов (МПР), Министерство сельского хозяйства (в отношении охотничьих видов животных и объектов рыболовства), Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору (в части экологического надзора и техногенного воздействия на окружающую среду), Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (в части экологического мониторинга).

Контрольно-надзорные функции в отношении охотничьих видов животных и водных биологических ресурсов осуществляла Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору, других объектов животного мира, лесных и водных ресурсов — Федеральная служба по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор). Контроль за загрязнением атмосферного воздуха и обращением с отходами выполняла Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзор). Оказание государственных услуг и управление государственным имуществом осуществляли Федеральное агентство сельского хозяйства, Федеральное агентство лесного хозяйства и Федеральное агентство по рыболовству в ведении Минсельхоза, а также Федеральное агентство водных ресурсов в ведении МПР.

Распределение полномочий неоднократно менялось. Управление федеральными заповедниками, национальными парками, заказниками и памятниками природы было передано Росприроднадзору, при этом более 60 заказников оставались в подчинении Минсельхоза. Лишь в 2008 г. все особо охраняемые территории были переданы в управление непосредственно Минприроды.

За четыре года (2004-2008), когда Ростехнадзор подчинялся непосредственно правительству, так и не удалось разграничить полномочия этого ведомства с Росприроднадзором. В 2008 г. Ростехнадзор перешел в ведение Минприроды, и ему были переданы все функции по проведению государственной экологической экспертизы и контролю промышленных предприятий. Однако после катастрофы на Саяно-Шушенской ГЭС в 2010 г. Ростехнадзор был возвращен в ведение правительства, правда, все экологические функции на этот раз остались у Росприроднадзора.

В 2004-2010 гг. Федеральное агентство лесного хозяйства находилось в ведении МПР (с 2008 г. — Минприроды). После масштабных лесных пожаров в европейской части России в 2010 г. это агентство также было передано в ведение правительства. В 2004-2008 гг. Федеральное агентство по рыболовству находилось в ведении Минсельхоза, в 2008 г. перешло в ведение правительства. Выведенные в последние годы из министерств Росрыболовство и Рослесхоз забрали и контрольные полномочия, до того осуществлявшиеся Россельхознадзором и Росприроднадзором, что в очередной раз увеличило число ведомств с контрольными функциями.